Aus dem Jahr 1270 (wissenschaftlich angezweifelt, wahrscheinlich 1370) stammt die erste Erwähnung einer Kirchenanlage von St. Andrä, die sich im Überschwemmungsgebiet zwischen Mur und Mühlgang befand. Das erste urkundliche Zeugnis ist ein Kaufbrief aus dem Jahr 1340. Die Rede ist von einer Pfarre und einer Pfarrkirche mit beachtlichen Pfründen. Wahrscheinlich handelte es sich um eine von den Aribonen oder Peilsteinern gestiftete Eigenkirche mit Pfarrrechten. 1479 wurde St. Andrä der Stadtpfarre zum Hl. Ägydius (heute Domkirche) inkorporiert, ohne eine formale Aufhebung des Pfarrstatus. Der Hofpfarrer war nun auch Pfarrer von St. Andrä.
Die Dominikaner mussten 1586 Kirche und Kloster zum Hl. Blut (heute Stadtpfarrkirche) verlassen und haben sich als Ersatzort für St. Andrä entschieden. 1616 haben sie mit einem Kirchenneubau begonnen, finanziert durch „Almosensammler“, die auch über die Landesgrenzen hinaus aktiv waren. Im Baustil (spätmittelalterliche Staffelhallenkirche) und in den Abmessungen des Kirchenneubaus wurde in ehrgeiziger Weise die zurückgelassene Kirche kopiert. Als Architekt war der „Stattmaurer“ Archangelo Carlone tätig. 1620 wurde mit dem Bau des Turmes begonnen. Die Zwiebelhaube mit Laterne stammt von Johann Georg Stengg aus dem Jahr 1740. Der Bau der Andräkirche wurde schon 1627 fertig gestellt, aber erst am 29. Juli 1635 wurde die Kirche geweiht. Äußerlich wirkte die neue Kirche „eintönig, schmucklos, scheunenartig“ (Konservator Graus). Alle architektonischen Dekors (Fensterrahmungen, Gesimse und Pilaster, seitliche Kapellenzubauten, …) sind Zufügungen späterer Jahrhunderte. Der Kapellenzubau auf der Westseite wird erstmals 1670 erwähnt und jener auf der östlichen Seite um 1717. Die alte prachtlose Nordfassade wurde durch eine Neorenaissancefassade 1876 nach den Entwürfen von August Ortwein ersetzt. Älter ist das wunderschöne Säulen-Steinportal mit einem Segment-Sprenggiebel (um 1640). Bemerkenswert ist auch die Rocaille-Schnitzzier der Türflügel (um1770). 1643 wurde die große Krypta im Presbyterium errichtet.
1641 wurde der erste Trakt im Konventbau abgeschlossen und um ca. 1680 war die Klosteranlage insgesamt fertig. 1659 wurde die neue Sakristei errichtet (heute Dominikuskapelle). Von Anfang an hat man einerseits den bestehenden Friedhof aufgelöst (Verlegung auf das im Westen der Stadt gelegene Steinfeld) und andererseits einer großen Anzahl Grazer Adeliger, auch Künstlern und Kunsthandwerkern eine vornehme Grablegung (Grüfte in der Kirche, wertvolle Epitaphe) ermöglicht. Der Karner mit einer der Hl. Anna geweihten Kapelle stand im Bereich des heutigen Pfarrhofs. Die Kreuzgruppe an der Ostseite der Kirche stammt von der alten Radetzky-Brück und wurde 1884hierher übertragen. Die Statuen werden Jakob Schoy zugeschrieben. Der Corpus am Kreuz ist ein Werk von Jakob Gschiel.
1807 verließen die Dominikaner St. Andrä und bezogen das leerstehende Augustiner-Eremiten Kloster in der Münzgrabenstraße, wo sie bis heute sind. Das Kloster wurde für militärische Zwecke genützt, woran die Bezeichnung „Kleine Dominikanerkaserne“ noch heute erinnert. Erst 1945 kam die Anlage in Privatbesitz. 2004 wurde das Kloster in eine ansprechende Wohnanlage umgebaut.