Der erste Hochaltar aus dem Jahr 1635 befand sich ungefähr an der Stelle des Triumphbogens, dahinter war der Gebetschor der Dominikaner. Er hatte die Form eines Ziboriums mit einer Spitze bis ins Gewölbe. Das Altarbild zeigte die „Himmelfahrt Mariä“. Laut Chronist wurde dieser bereits 1662 von einem neuen Hochaltar abgelöst, ein Werk des Bildhauers Sebastian Erlacher. Das alte Altarbild kam im Zuge dessen an die Rückwand und wurde durch das Bild Martyrium des Apostels Andreas, ein Werk des Südtiroler Meisters Stefan Kessler aus dem Jahr 1672, abgelöst. Im Jahr 1838 wurde der Altar an die Rückwand der Apsis versetzt. Hat er zuvor noch als Raumteiler fungiert, der den Hauptraum der Kirche vom Chorraum der Patres getrennt hatte, so schließt er seither wie eine riesige Platte den Sakralraum ab. 1882 wurden die beiden Seitenfiguren, die in der Art Joseph Schokotniggs geschnitzt waren, zu den Päpsten Gregor I. und Pius V. umgestaltet. Der Anlass dafür war die Heiligsprechung des Dominikanerpapstes. Ebenso wurden der Altar und das Altargemälde entsprechend dem klassizistischen Zeitgeschmack überarbeitet. Jakob Gschiel war der Bildhauer, der dem Hochaltar sein charakteristisches Aussehen gab. Zwei sitzende Engel und ein Auge-Gottes-Schnitzwerk stammen von ihm. Neben dem Kreuz sind zwei spätbarocke Figuren, auf der linken Seite „der Glaube“ mit dem empor gehobenem Kelch (Eucharistie) und auf der rechten Seite „die Hoffnung“ mit dem Anker und dem Zeigegestus nach oben. Die neobarocke Marmormensa und das Marmortabernakel stammen auch aus der Zeit um 1882.